Do opublikowania tekstu naukowego w Wydawnictwie Księgarnia Akademicka konieczne jest pozytywne przejście dwustopniowego etapu recenzji naukowej. Zgłoszony manuskrypt jest najpierw poddawany recenzji wewnętrznej, polegającej na ocenie Dyrektora wydawniczego i zespołu redakcyjnego podczas kolegium redakcyjnego. Po uwzględnieniu wyników tego etapu oraz ewentualnej konsultacji z ekspertami Dyrektor wydawniczy podejmuje decyzję o publikacji.
W przypadku pozytywnego rozstrzygnięcia pierwszego etapu zostaje zainicjowany proces recenzji zewnętrznej. Zakłada on przeprowadzenie oceny tekstu przez dwóch niezależnych ekspertów z danej dziedziny. W tym względzie dopuszczalne są różne modele recenzowania: od recenzji podwójnie ślepej (double-blind review), ślepej (blind review) po jawną (peer review). W razie potrzeby Wydawnictwo deklaruje pomoc w poszukiwaniu odpowiedniego recenzenta. Cała procedura recenzowania odbywa się na zasadach etycznych deklarowanych przez Wydawnictwo (szerzej zob. Zasady etyczne).
Kontrola antyplagiatowa odbywa się z wykorzystaniem wiedzy kolegium redakcyjnego oraz ekspertów z danej dziedziny naukowej podczas procesu recenzji wewnętrznej oraz zewnętrznej, a także w czasie procesu redakcyjnego przeprowadzanego przez doświadczonych redaktorów. Jeśli na którymkolwiek z wymienionych etapów pojawi się podejrzenie popełnienia plagiatu tekst zostaje dodatkowo poddany analizie za pomocą odpowiedniego oprogramowania – w przypadku tekstów obcojęzycznych jest to narzędzie Crossref Similarity Check obsługiwane przez iThenticate, a w przypadku tekstów w języku polskim jest to dodatkowo lub wyłącznie narzędzie Plagiat.pl (zintegrowane z Jednolitym Systemem Antyplagiatowym).
Wydawca zastrzega sobie prawo do wykonania kontroli antyplagiatowej w przypadku każdego tekstu zgłoszonego do publikacji.
Kontrola za pomocą narzędzi cyfrowych może zostać wykonana także na życzenie autora zgłaszanego tekstu.